MICROSERFIN cuenta con una estructura organizacional presidida por un presidente quien a su vez se rige por una Junta Directiva compuesta por 7 miembros, empresarios destacados del país, quienes se reúnen mensualmente, para asegurar el cumplimiento de los objetivos para la cual fue conformada la organización.

La estructura actual del organigrama se divide en dos (2) grandes áreas que son el Área Comercial y el Área de Operaciones, encabezadas por la Vicepresidencia Ejecutiva y que al terminar el año 2007 cuenta con una planilla de 115 colaboradores.